El laboratorio está situado adyacente a la Bahía de Achotines en la punta sudeste de la Península de Azuero en el litoral del Pacífico de la República de Panamá. La plataforma continental frente a la Bahía de Achotines es bastante estrecha: el mar alcanza profundidades de más de 200 metros a menos de 8 km de la costa, brindando acceso fácil a aguas oceánicas donde los atunes desovan durante todos los meses del año. En tierra, el terreno del laboratorio incluye bosque tropical seco, ahora el más raro de los principales ecosistemas tropicales. Anteriormente este tipo de bosque cubría unos 550,000 km2 de la costa del Pacífico entre Panamá y México; hoy en día quedan solamente unos 10,000 km2 intactos, y de éstos menos de 600 km2 gozan de protección oficial. La mayoría del bosque en la Provincia de Los Santos fue despejada para pastoreo y agricultura, pero cubre todavía más de 120 hectáreas del área que rodea el laboratorio.

 
The La región está caracterizada por temporadas notorias de lluvia y de sequía y patrones dinámicos de circulación marina, llevando a una amplia variabilidad natural del hábitat costero. Se han recolectado más de 150 especies de peces en la Bahía de Achotines y sus alrededores inmediatos, entre ellas al menos diez especies de atunes y peces picudos. La Bahía de Achotines contiene uno de los pocos arrecifes de coral en el litoral Pacífico de Centroamérica, y grandes cantidades de aves marinas anidan en las Islas Frailes. En la Isla de Cañas hay un importante sitio de anidamiento de tortugas marinas, y se pueden ver varias especies de ballenas y delfines en las aguas locales.